tratさん、瞳子さん、テストありがとうございました。
これで「マルチモニタ環境において概要ウィンドウの表示位置がずれるバグが修正されました」と断定することにします。

瞳子のテスト結果は全てPASSでは無いですが、
> 画面のプロパティーでは横にやたらと長いモニタとして認識されます
ということで、OSからはシングルモニタ環境として認識されているため、
Heimdallrもシングルモニタ環境として認識し、それに従って動作してしまった、ということが言えそうです。とりあえずHeimdallrの問題ではなさそうですので、何も対応しない予定です。

はい、画面のプロパティーでは横にやたらと長いモニタとして認識されますね。
グラフィックボード、PCIのものは全部捨てちゃったので2個出力のついてるAGPボードで確認したのですが、やっぱりボード2枚じゃないとダメみたいですね…
わたしの検証した環境はマルチモニタとは言えないものだったと思います。

あー、ちなみにうちはOSの機能によるマルチモニタです。
グラフィックボードの機能によって二画面を使う場合は
OSからも一画面として認識されちゃいません？
多分オーバーレイの最大化なんかも二画面にまたがっているのでは。

Test1
右上、右下ではみ出しました。

Test2
モニタ関係なしにでます。
ビューの位置が右だと2枚のモニタにウィンドウが跨ってしまいます。

Test3
ばっちりはみ出します

Test4
常にシングルモニタ時と同じ挙動です。

結論
1枚のグラフィックボードの2出力モードは通常のマルチモニタとは何かが違うかも
http://www.elsa-jp.co.jp/product/03game/GLADIAC_FX_935XT2/index.html
2560*1024の大画面になるだけの感じでした。

Nvidia独自の機能でマルチモニタ化されていて、マルチモニタとしてWindowsに認識されていない可能性があります。

test1 PASS
test2 PASS
test3 PASS
test4 PASS

すべてパスでした！！
二つのモニタにまたがって表示されることもありません。
再現環境無しでここまで完全にやってのけるとはすごいです。
自分はプライマリを作業領域、セカンダリを情報表示領域と決めているので
このバージョンアップは嬉しいとしか言いようがありません。
本当にありがとうございます。いやー本当にお見事。