透明スキンを適用したビュー(A)を、記事のないとき最下位、記事のあるとき最上位に設定していて、かつ他にもビュー(B)があってそこには何も記事が表示されていないとき、
一定時間毎の巡回によりビュー(A)に記事が表示されると、ビュー(A)が普通のビューになってしまう、というバグでした。
再現条件が複雑・・・。
OSの動きも関連しているみたいでなぜこうなるのかは結局明確にできませんでしたが、試行錯誤でこの現象が発生しないようにはできました。次のバージョンでは解決されていると思います。

瞳子様、報告ありがとうございます。
いつのまにか最上位ビューが普通ビューになってしまう現象は私も確認していたのですが、いつも発生するわけでもないようで、再現条件が分からず難儀しておりました。
「他のビューが最下位から最上位に切り替わったとき」が条件ですかね。
ちょっと調べてみたいと思います。

複数ビュー表示していて設定を
記事のないとき最下位、記事のあるとき最上位に設定していると
他のビューが最下位から最上位に切り替わったときにそれ以外のビューが通常ビューになってしまうことがあるみたいです。

> 適用ボタンがあっても良さそうです。

適用ボタンなんですが、ビュー設定＞ビュー設定変更と2段階目にあるダイアログには付けられないんです。というのも、2段階目で適用ボタンを押して、その後1段階目でキャンセルを押すとどうなるか、という問いに対する大勢の人が納得する答えが(たぶん)無いからです。

ですので、適用ボタンを付けるためには、ビュー設定変更ダイアログをスキン設定ダイアログのように1段階目まで持ってくる必要があります。しかし、1段階目まで持ってくると、従来1段階目で行っていたビューの追加や削除ができなくなりますので、これはこれで問題です。

しかし、現状では分かり難いだろうというのも分かりますので、何か手を考えたいと思いますが、結構根が深い問題なので時間がかかりそうです。

お気に入り優先度で、どちらにスライドさせれば優先されるのか見た目判りにくいと思います。

あと、ビュー設定変更画面を出すには
ビュー設定＞ビュー設定変更
と２回クリックが必要ですので
適切な割り当てレートを探すには少し遠い感じがします。
適用ボタンがあっても良さそうです。

ご対応ありがとうございます♪

っていうか反応早すぎます、びっくりしました。

ご指摘どうもありがとうございます。

どうやらURLが
http://www.sutosoft.com/room/archives/cat_heimdallr.html
に変わっていたようです。
MovableTypeのバージョンアップに伴う仕様変更の影響を受けたのではないかと思います。

http://www.sutosoft.com/room/archives/cat_heimdallraaaa.html

こっちに入ってません～
サーバーをWindowsにしてからいろいろ調子悪いのかな？